Effenberg đã thi đấu 35 trận cho đội tuyển quốc gia Đức và ghi được năm bàn thắng. Anh bắt đầu tham gia đội tuyển vào ngày 5 tháng 6 năm 1991, trong trận đấu với xứ Wales tại vòng loại Euro 1992. Anh chơi được 20 phút và tuyển Đức khi đó thua trận trên sân khách. Tuy nhiên, sự nghiệp quốc tế của Effenberg được đánh dấu bằng các rắc rối và thành tích thi đấu nghèo nàn.

Anh đã bị Liên đoàn bóng đá Đức từ chối xem xét việc chọn anh vào đội tuyển quốc gia sau sự cố tại vòng chung kết World Cup 1994. Tại vòng chung kết, trong trận đấu vòng bảng gặp Hàn Quốc, Effenberg đã có hành động không đúng mực ("giơ ngón tay giữa") đối với người hâm mộ tại sân Cotton Bowl, Dallas khi anh bị thay ra vì màn trình diễn tệ hại. Với sự bê bối này, huấn luyện viên Berti Vogts đã quyết định loại Effenberg khỏi phần còn lại của giải đấu.

Tháng 9 năm 1998, Effenberg quay trở lại đội tuyển quốc gia trong một số trận giao hữu quốc tế. Đó cũng là những trận đấu cuối cùng mà anh cùng huấn luyện viện Berti Vogts phục vụ cho đội tuyển Đức.

Các bàn thắng cho đội tuyển quốc gia